Comportement
Le Manchot empereur n'a pas de nid fixe. Ainsi pour localiser son ou sa partenaire et son oisillon au sein de la colonie, il utilise des appels sonores : on dit qu'il brait. Il possède à sa disposition un registre complexe de cris nécessaires à la reconnaissance des parents entre eux et des adultes avec leur petit. Il dispose de la plus grande variété de cris de tous les manchots. Le Manchot empereur utilise simultanément deux bandes de fréquences. Les oisillons réclament de la nourriture et appellent leurs parents par un sifflement dont ils peuvent moduler la fréquence.
Comportement social
Les Manchots empereurs
sont des animaux sociables, vivant en colonies. Ils chassent ensemble et peuvent coordonner leurs plongées et leurs remontées
à la surface. Ils sont actifs de jour comme de nuit. Un adulte passe une grande partie de l'année à circuler entre la zone de
nidification et les zones océaniques riches en nourriture. Les animaux se dispersent dans l'océan de janvier à mars.
Afin de faire face au froid, les manchots de la colonie se regroupent en un amas compact. La formation ainsi obtenue, surnommée « la tortue », peut comprendre entre une dizaine et plusieurs centaines d'oiseaux, chacun s'appuyant sur un de ses voisins pour limiter en périphérie le contact avec l'air. Les manchots situés à l'extérieur de l'amas ont tendance à s'introduire lentement dans la masse, et chacun se retrouvera successivement à l'extérieur et à l'intérieur du groupe, afin que ce ne soit pas toujours les mêmes individus qui soient exposés au froid.
Prédateurs et mortalité
Le Manchot empereur est une proie privilégiée pour divers oiseaux et mammifères marins. Le Pétrel géant (Macronectes giganteus) est son principal prédateur terrestre, responsable à lui seul de jusqu'à 34 % des morts de jeunes dans certaines colonies. Le Labbe de McCormick (Stercorarius maccormicki) se nourrit principalement d'oisillons morts, car les jeunes sont trop gros pour être menacés à la période durant laquelle il arrive dans la colonie.
Les principales menaces pour le manchot lorsqu'il est dans l'eau proviennent de deux mammifères : le Léopard de mer (Hydrurga leptonyx), qui s'attaque aux adultes et aux jeunes lors de leurs premières plongées, et l'Orque (Orcinus orca), qui s'attaque aux adultes.
Une importante partie de la mortalité des oisillons est imputable aux mauvais soins lors de la couvaison. Le parent resté pour s'occuper de l'œuf peut le perdre, parfois lors de conflits ou de bousculades, ou cesser de le couver. Ce type de perte atteint son maximum au mois de mai, juste après la ponte, et les manchots ayant toujours leur œuf en juin sont généralement les plus expérimentés. Par la suite, le poussin est soumis à des conditions climatiques très rudes, conduisant parfois à sa mort, mais il peut également souffrir de malnutrition lorsque le parent parti se nourrir tarde à revenir de son voyage en mer.